中心是为加速发展我国农副产品精、深加工的需要，依托南京食品包装机械研究所组建的。南京食品包装机械研究所是国家食品与包装机械行业的重点研究机构之一，是以农产品精深加工工艺与装备及食品包装机械为主要研究目标。该中心在生物工程、农产品精深加工中的酶工程、组织培养、高效分离、功能性蛋白质和肽类、多糖、糖苷及其衍生物等重要生理活性物质的提取技术及关键装备、农产品加工过程、产成品质量、安全检测技术及相关试剂、生物质能开发技术等方面拥有较强的技术实力；实验室拥有完善的生物化学，分子生物学、细胞生物学、组织学等研究装备，如美国ABI公司实时定量PCR仪，Thermo公司液－质联用仪，日本Yamaza制备色谱，美国ＧＥ公司快速蛋白层析系统AKTA，美国Bio-Rad电泳转膜仪，德国Thermo公司高速冷冻离心机, 日本岛津公司紫外和荧光分光光度计,德国CHRIST冻干机，美国安捷伦公司高效液相层析系统，美国Bio-Rad凝胶成像仪，美国ＴＥＣＡＮ公司多功能酶标仪，美国ＧＥ公司激光扫描成像仪，日本OLYMPLUS倒置显微镜，美国Millipore纯水装置，美国Nicolet红外光谱仪等。

中心近年来一直从事农业产业的综合开发产业化研究，积累了丰富的技术经验。